提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
从北京到北京,习近平带给“奥运中国”的三色印记******
(近观中国·冬奥)从北京到北京,习近平带给“奥运中国”的三色印记
中新社北京1月31日电 题:从北京到北京,习近平带给“奥运中国”的三色印记
作者 钟三屏
“我真希望给习主席颁发一枚金牌!”国际奥委会主席巴赫曾说,就推动奥林匹克运动而言,习近平是当之无愧的冠军。
担任2008年北京奥运会、残奥会筹备工作领导小组组长,助力中国百年奥运梦圆;2015年为北京携手张家口申办冬奥代言,打动世界;挂念冬奥筹办进度,五度实地考察……中国最高领导人习近平与“奥运中国”的交集多且深。
从北京到北京,象征人类文明的奥林匹克与中国两次相遇、彼此成就。奥运与中国大地的“化学反应”已经发生,并仍在继续。
观察家指出,习近平站在“国与民”的高度运筹奥运这件大事,为中国增添了多彩的“奥运印记”。
从城市肌理的维度看,习近平给“奥运中国”带来绿色印记。
2008年北京奥运会,“绿色承诺”超额兑现;2022年北京冬奥会,“绿色办奥”位列四大理念之首,也是习近平在多个场合讲话的高频词,辐射办奥实践各个环节。
在2022年1月初的考察中,习近平了解了低碳化零排放的制冰技术,细数“水立方”变身“冰立方”等妙法,为冬奥村赛后转换为人才公寓的做法点赞。
“绿色场馆”之外,京张高铁、新能源公交车所代表的绿色交通,“张北的风点亮北京的灯”所指向的绿色能源,通过生态涵养和节水技术解决“雪从哪里来”的难题……绿色融于城市肌理变迁的一个个细节里。
有外媒认为,北京冬奥会“将是一项碳中和赛事”。
“把发展体育事业同促进生态文明建设结合起来”“为冬奥会打下美丽中国底色”“为推动经济社会发展全面绿色转型、实现碳达峰碳中和作出贡献”——在习近平的设计图上,冬奥会是中国绿色发展的承载,更是新起点。
从经济联结的维度看,习近平给“奥运中国”带来金色印记。
张家口的蜕变,以申办冬奥成功为界,由塞外山城变身聚宝盆,“冬季到张家口来滑雪”成为时尚,运动休闲产业兴起,冰雪装备制造业发展壮大。
在“冬奥小城”崇礼,每五个人之中就有一个人从事和冰雪相关的工作,超过3万人端上“雪饭碗”。
“冰天雪地也是金山银山”,习近平当年送给东北的话,如今也已成为张家口的写照。
金色印记来自于运筹。习近平强调,“要把筹办冬奥会、冬残奥会作为推动京津冀协同发展的重要抓手”“进一步发挥北京对京津冀区域发展的辐射带动作用”“加快建设京张体育文化旅游带”。随着路网升级、冬奥一小时生活圈形成,京张联系更为紧密,体育文化旅游带逐渐变得立体。
观察家认为,京张携手办冬奥的设计与实践,嵌套于区域经济协调发展的国家大目标下,是京津冀协同发展点睛的重要一笔,中外企业也从中国的冰雪经济中淘宝掘金。
从国家“精气神”的维度看,习近平给“奥运中国”带来红色印记。
一百多年前,中国教育家张伯苓预言,“奥运举办之日,就是我中华腾飞之时”。
在中国人的观念里,红色代表喜庆、圆满,2008年北京奥运会让“中国红”成为世界感知中国热情与自信的色彩。承袭北京奥运会的荣光,北京冬奥会更有底气,也有了更高远、更具文明内涵的追求,“中国红”愈加明艳。
观察家指出,在习近平的体育观里,国家的现代化和人的现代化是落点所在。他认为“全民健身运动的普及和参与国际体育合作的程度”关乎一个国家的现代化程度,坚信“没有全民健康,就没有全面小康”。
正因如此,借冬奥契机“带动三亿人参与冰雪运动”,让冰雪运动成为一种文化和生活方式,赋能体育强国和健康中国,夯实国家“精气神”的基础,成为应有之义。
置于大的时代背景下,习近平把北京冬奥会定位为“我国重要历史节点的重大标志性活动”,以及“展现国家形象、促进国家发展、振奋民族精神的重要契机”。
充满中国元素的场馆建筑、彰显中国科研实力的技术应用、热情的冬奥志愿者、为北京加油助阵的海外同胞……国家“精气神”处处皆可感知。
从“北京欢迎你”到“一起向未来”,“中国红”在延续中升华;当冬奥遇上红色中国年,碰撞出别样“中国之韵”。(完)(图片素材来源:新华社、中新社、北京2022年冬奥会和冬残奥会官网)
出品人:陈陆军
总策划:王晓晖
监制:张红、夏宇华
策划:郭金超
统筹:梁晓辉、王凯
主笔:聂芝芯
视觉|编辑:张舰元、李雪瑶、马学玲
(文图:赵筱尘 巫邓炎)