提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
港珠澳大桥珠海公路口岸迎来客货车出入境“双高峰”******
中新网珠海1月18日电 (邓媛雯 黎钊德)春节前夕,港珠澳大桥珠海公路口岸迎来客车、货车出入境“双高峰”,出入境车流量连续创新高。据港珠澳大桥边检站统计,自今年春运开启以来,截至1月18日,该站共查验出入境车辆超6.8万辆次,同比增长45%,其中客车5.3万辆次,货车近1.6万辆次,同比分别增长60%、11%。
据港珠澳大桥边检站分析,跨境客车量增长主要是因为内地与港澳通关措施优化调整,三地往来更为便捷,港澳居民通关意愿增加;同时,农历新年临近,返乡流、探亲流、旅游流多重叠加,推高了跨境车流峰值;此外,“澳车北上”政策实施后,更多澳门单牌车经行港珠澳大桥,进一步增加口岸跨境客车数量。
春节前夕,澳门的小客车经港珠澳大桥珠海公路口岸通关进入内地 王相国 摄据了解,为满足香港和内地人士春节期间通关需求,1月18日至21日期间,港珠澳大桥珠海公路口岸的每日单向通关名额(只适用于私家车和跨境出租车司机和乘客),由1000人次提升至2000人次。边检部门预计,该政策实施后,跨境通行客车量将持续走高。
港珠澳大桥边检站相关负责人介绍,农历兔年临近,港澳地区各商家为应对节日期间出现的消费“高峰”,大量补充应节货物,大批货车运输公司经港珠澳大桥24小时执行运送任务,成为该口岸跨境货车数量增加的主要原因。
“自香港与内地通关第一阶段在1月8日实施以来,港珠澳大桥口岸运作良好,车辆总体通行畅顺。”该负责人表示,农历新年期间,该站将安排充足人手,开足查验通道,确保口岸通关安全、有序、顺畅。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |